El Omeprazol y Pantoprazol afectan igual en el reflujo biliar? Qué puedo tomar para las agruras?

Ni omeprazol ni pantoprazol, y en general los IBP, son la mejor opción cuando hay un reflujo biliar documentado; suelen ser más eficaces los anti-H2.

Puede tomarlos sin ningun problema al respecto y basta con uno de los dos por supuesto

Imagino que se refiere a reflujo "ácido". Ninguno de esos medicamentos tienen un papel en el reflujo biliar que, por otra parte, no es fácil de diagnosticar.