Estoy diagnósticado de síndrome ansioso-depresivo y estoy en tratamiento farmacológico y psicológico.

No tengo suficientes datos para evaluar esto que te pasa.

Si has empezado con la medicación hace poco, con mucha probabilidad formará parte de los efectos secundarios. Si no es así, habla con tu médico.

El cuadro que usted comenta podría formar parte del mismo cuadro ansioso-depresivo que padece.
Le aconsejo consulte sus síntomas con los profesionales que le atienden para poder recibir la mejor ayuda de primera mano.
Espero mejore.

Lo cierto es que siempre es extraño que este tipo de reacciones se produzcan de manera tan específica como describe, asumiendo que solamente le ocurra tras la siesta. Puede que lo mejor sea que lo analice con los profesionales que lo atienden. A veces estas reacciones también se relacionan con siestas demasiado largas, o con la administración previa de un fármaco o una ingesta previa de demasiado alcohol.
Quizás la cuestión más interesante para su tratamiento y que probablemente debería comentar con sus especialistas sea ¿Por qué sigue haciendo aquéllo que le va tan mal para el estado de ánimo?

Sería conveniente saber que tipo de terapia psicológica estás siguiendo,ya que por ejemplo en las instituciones públicas, debido al escaso número de profesionales y la saturación de los servicios es complicado aplicar una terapia realmente efectiva.
La terapia más eficaz, demostrado en todos los estudios, es la cognitivo conductual y la última aportación la activación conductual. Ninguna está contraindicada con medicación ya que esta sirve para mejorar el estado de ánimo y poder encarar así en mejores condiciones la terapia.
Tu malestar al despertar de las siestas puede ser normal aunque antes no ocurriera. Tal vez sea efecto de la medicación o no. Simplemente es una nuevo efecto de la siesta que a veces ocurre. El sentido de desesperanza si es propio de la depresión y es normal en tu situación depresiva.
Respecto a la serotonina, esto es controvertido, pues no están del todo claro los efectos de este neurotransmisor.
Ten paciencia e implícate en la terapia y sobre todo se activo.

Falta información para responder adecuadamente a esta pregunta. Si le ocurre ésto regularmente le sugiero que, que suprima la siesta, o la haga de no más de 20'-30', y se acueste antes por la noche de modo que se asegure entre 8 y 9 horas de sueño. El malestar específico que describe lo evitará.