Me han dicho que la prueba de malabsorción en heces es muy poco específica. Cómo entonces se puede

No suele existir malabsorción de hidratos de carbono como tal, por lo que no existen pruebas para confirmarla o no.

Hablar de malabsorción es un concepto muy amplio y las diferentes pruebas que estudian el proceso de absorción lo hacen referidos a determinados principios inmediatos, no a todos. La malabsorción que clínicamente nos importa más es la que deriva en malnutrición: si un organismo está mal nutrido porque no absorbe bien, el problema es más serio que si la malabsorción genera algún tipo de disconfort pero no malnutrición. Y si la supuesta malabsorción ni genera malnutrición ni molestias me pregunto si realmente merece estudiar un "problema" en el que el organismo elimina de manera inocua lo que no le hace falta. Por eso, cuidado si le estudian una malabsorción con la excusa de encontrar en ella la causa de sus malestares: vincular cualquier molestia con el resultado de una prueba puede ser caer en la falacia del post hoc ergo propter hoc.

Hay muchos tipos de procesos que pueden dar lugar a una malabsorción de nutrientes. La enfermedad celíaca, por ejemplo, es uno de ellos. La prueba de malabsorción es una más de las que se hacen al paciente y con todas ellas se establece un diagnóstico.
En el caso de las grasas, se determina de forma cuantitativa en heces. En el de las proteínas, mediante pruebas en sangre; los hidratos de carbono, con la prueba de hidrógeno espirado. En cuanto a micronutrientes como vitaminas y minerales, también mediante pruebas en sangre.