Tengo quiste de baker y me han mandado a fisioterapia pero me sigue doliendo mucho al apoyar el pie.

Quizá una cosa factible y oportuna sería intentar la aspiración de dicho quiste para estudio del material obtenido (celularidad, bioquímica, cristales, microorganismos...), además en el mismo procedimiento se le puede realizar una infiltracion tras la aspiración del líquido sinovial, que alivia al paciente en muchas ocasiones

El quiste de Baker o quiste poplíteo es un quiste formado por líquido que viene de la cápsula articular y que se localiza en la rodilla. La mayoría de veces es secundario a la artrosis.
El diagnóstico de la artritis reumatoide se basa en la sintomatología del enfermo y en la exploración física (suele encontrarse inflamación de las articulaciones pequeñas manos y pies). Tener un factor reumatoide positivo o negativo y una velocidad de sedimentación globular alta o normal ayuda en el diagnóstico pero no es determinante.
Con lo que explica es difícil decir a que debe y que hacer, pero no parece una artritis reumatoide.

La forma más eficaz de tratar un quiste de Baker es realizar una aspiración del contenido guiada por ecografia y posterior infiltración con corticoide depot y anestésico local. La obtención del líquido sinovial del quiste de Baker también permite su análisis lo que ayuda a determinar la causa. La causa más frecuente de un quiste de Baker es una artrosis. El diagnóstico de artritis reumatoide se fundamenta en los síntomas del paciente y la exploración física. Los resultados de la analítica tan solo ayudan en algunos casos. La mayoría de personas con factor reumatoide positivo no tienen una artritis reumatoide, y hasta un 35% de las personas con artritis reumatoide tienen factor reumatoide positivo. Tener un quiste de Baker aislado no es motivo para realizar una analítica con factor reumatoide. Por otra parte, la artrosis no se diagnostica con una analítica sino que se diagnostica con una radiografía simple. Le aconsejo que consulte su caso personalmente con un reumatólogo.