¿El ejercicio físico abdominal con pilates, por ejemplo, puede ser perjudicial si se padece una hernia

No, en absoluto. Más bien al contrario, lo puede mejorar en un sentido amplio

El ejercicio físico siempre es recomendable cuando se hace ajustado a las capacidades del individuo y teniendo en cuenta sus limitaciones. Hacer pilates no tiene por qué perjudicar una hernia de hiato.

Yo creo que no. El ejercicio favorece la pérdida de peso y por lo tanto disminuye la presión intraabdominal lo cual es aconsejable en el caso de hernia de hiato.