Estoy tomando antiflamatorios por enfermedad cronica y tengo que tomar siempre omeprazol, Tengo que

Si, por supuesto. Debería suspender el omeprazol una semana antes y en su lugar tomar ranitidina durante ese tiempo, para no interferir con los resultados del helicobacter

La detección de Helicobacter por biopsias ya es de suyo poco sensible, o al menos no tan sensible como lo es una prueba de aliento. De hecho a menudo puede existir discrepancia entre unas biopsias gástricas que no ven Helicobacter pylori y una prueba de aliento en la que se detecta Helicobacter. Y en estos caso, prima lo que dice la prueba de aliento porque la biopsia puede caer o no sobre zona en la está el Helicobacter.
Teniendo esto en cuenta, el hecho de estar tomando o no omeprazol de cara a una gastroscopia en la que se van a tomar biopsias, poco modificarán su rentabilidad para detección de Helicobacter. Se suele recomendar que el paciente al que se le va a hacer gastroscopia no tome omeprazol para modificar lo menos posible la situación basal del estómago (por ejemplo, los eventuales hallazgos de esofagitis) pero cuando se advierte un riesgo mayor si se deja el omeprazol, tampoco pasa nada por hacer la gastroscopia mientras se toma omeprazol.