Llevo dos fundas de zirconio, pero la encía se me ha puesto morada e inflamada. ¿Existe alguna solución

Si, existe una solución muy eficaz: hay que quitarlas, retallar, tomar bien las impresiones y colocar unas nuevas.
Es un defecto de la impresión, o de la prótesis mal ejecutada, o de ambas cosas. Deberá llevar durante algún tiempo (un mes) unos dientes provisionales bien ajustados hasta que desaparezca la inflamación gingival (que habrá que tratarla) y cuando las encías tengan un aspecto rosado claro como deberán estar tambien en los demas dientes, se procederá a tomar medidas y efectuar las coronas definitivas.
Un saludo

Esa inflamación puede tener varias causas. Desde una posible gingivitis causada por un cepillado deficiente a que las fundas no estén bien ajustadas o no bien diseñadas en su margen gingival, es decir, en la zona de las encías, causando retención de alimentos o favoreciendo el impacto de los alimentos directamente en la encía, causas que pueden favorecer una gingivitis.
También hay que descartar una enfermedad periodontal subyacente. En definitiva la mejor opción es que le revise su dentista para resolver el problema.

Los pasos de cualquier tratamiento con coronas sean del tipo que sean son los siguientes:
En primer lugar antes de comenzar el tratamiento los tejidos periodontales y entre ellos se encuentra la encía tienen que estar sanos y si no es así tratarlos, luego realizar el tallado de los muñones con un diseño específico para que la corona pueda estar posteriormente bien ajustada y a un nivel bajo la encía adecuada. Si no es así, se invadiría el espacio que tiene la encía para adaptarse y provocaría esa inflamación que tu refieres y en último lugar cementado de una corona que a parte de estética tiene que ser de materiales lo más biocompatibles posibles y con un ajuste bueno.
Cualquier fallo en estos pasos puede ser la causa de tu problema, por lo que primero hay que saber cual es y luego buscar una solución.

La causa más posible a los síntomas que indica es que las fundas no tengan un buen ajuste. El zirconio es un material muy biocompatible (mucho más que las coronas tradicionales en metal- cerámica), pero eso no significa que no puedan dar problemas si el ajuste o el diseño no son correctos.
Vuelva a su dentista.