Me practicaron endodoncia en el segundo molar inferior izquierdo hace años. Ahora presenta caries profunda

Efectivamente es muy importante valorar la posición del cordal de ese lugar. Si está tumbado y además totalmente recubierto por hueso y encía y por tanto nunca va a salir se efectuará perfectamente la extracción de dicho cordal. Si la situación fuera que tumbado erupciona algo por la encía y hueso también lo extraeremos para evitar problemas de caries en dicho cordal así como prevenir la pericoronaritis o inflamación de la encía alrededor del cordal que de forma más o menos periódica puede presentarse. Si la situación del cordal es muy vertical y puede erupcionar al quitar la pieza anterior hay que valorar otras cosas para mantenerlo como higiene del paciente, estado general de la boca, edad del paciente..... porque pudiera ocurrir que fuera bueno dejar que erupcionara. Nunca sabemos si una pieza en el futuro puede servirnos para ayudar por ejemplo a colocar un puente si esa persona por el motivo que fuera no quiere o no puede ponerse un implante.
Por tanto valorar muchas cosas.

Básicamente estoy de acuerdo con mi compañera. Además si hay un problema de espacio y malposicionado el cordal, puede iniciar su erupción con lo que al emerger al exterior, problemas infecciosos: pericoronaritis,etc en principio, sin ver la rx del cordal apostaria por la extracción de ambos en el mismo acto quirúrgico.

Depende. Si el cordal está tumbado o en una mala posición y no va a salir de ningún modo, al hacer la extracción del segundo molar se va a facilitar mucho la del cordal . Hay alguna ocasión en la que el cordal está en buena posición y puede erupcionar tras la extracción del anterior.