me rompi el humero, y me introdujeron un clavo por el hombro, desde entonces, tengo muchas molestias

Estoy de acuerdo, solo añadir que en caso de no poder realizar la resonancia, la ecografía puede ayudar a detectar la posible rotura del tendón.

La entrada de ese tipo de clavos puede efectivamente, en algunos casos, dañar parcialmente alguno de los tendones del manguito de los rotadores. Pero éstas lesiones sobre los tendones, son reparables.
Habría que comprobar primero que el clavo no sobresale en la zona del hombro y que la fractura ha consolidado por completo y en buena posición. Si es así, es probable que las molestias entonces se deban efectivamente a una lesión del manguito, las cuales se podrían objetivar con una resonancia (ésta se puede hacer si el clavo es de titanio, aunque puede que las imágenes se vean artefactadas).
Podría ser conveniente hacer una artroscopia de hombro diagnóstico-terapéutica (para ver el estado in situ del hombro y/o reparar posibles lesiones) e incluso plantearse extraer el clavo, si se trata de un paciente joven y la fractura ya ha consolidado.

Si la cirugía fue buena,.no ddebería tener dolor o falta de movilidad.
Continue con rehabilitación, no cese. A veces estas articulaciones dan más guerra de lo normal y como bien dicen puede ser necesaria un artroscopia diagnóstica, pero sin duda aún tiene síntomas que necesitan ser tratados preferiblemente de manera manual.