Mi hija tiene 2 años y en la gamagrafia de tiroides el diagnóstico fue glándula tiroidea hipocaptante

Según entiendo creo que explica usted que hubo un primer diagnóstico con gammagrafía que era erróneo por existencia de un quiste que se encontraba enntorpeciendo la gammagrafía. Si se tratase del quiste exclusivamente no es urgente quitarlo.
Por si no se refería a un error en la gammagrafía decirle que el tener una zona hipocaptante en la gammagrafía significa que tiene un nódulo frío, sin urgencia.
Y si es hipocaptante: entero. Aquí lo importante es perseguir que su hijita esté normal en cuanto a sus hormonas tiroideas que ya su endocrino -en este caso- se las habría recetado.
Mi impresión es que el quiste artefactaba la gamma y solo existe el quiste.

Que el tiroides sea hipocaptante, puede estar relacionado con un tiroiditis autoinmune y / o un hipotiroidismo. Es necesario realizar analítica correspondiente (TSH, T4 libre, anticuerpos anti TPO y anti TG) además de una necesaria ecografía tiroidea.
La lesión quística descrita, si es subcutánea difícilmente producirá compresiones, En todo caso, es necesario valorarla en cuanto a su tamaño.y posibles compresiones del área. Según se describe, no parece alojarse en el tiroides, Es conveniente descartar la posibilidad de que se trate de un quiste tirogloso, de carácter congénito, habitualmente benigno y de posible tratamiento quirúrgico por su tendencia a infectarse, o producir problemas respiratorios. No es necesaria una intervención inmediata.
Si se decide una actitud conservadora, sería necesario valorar la evolución, realizar controles periódicos ecográficos.

Hay que estudiarlo mejor el caso, antes de tomar una decisión tan drástica, como innecesaria a todas luces.