Mi hijo es celiaco y intolerante a la fructosa. ¿Qué debería comer principalmente?

Procura consumir siempre alimentos frescos y preparados en casa.
Esto evita que pueda tener algún problema por tomar fructosa y/o gluten en ese alimento.
La asociación de celíacos te proporciona un libro con alimentos que contienen gluten. Al principio te costará, luego aunque son muchos siempre comes los mismos, con lo que aprenderás cuales puede y cuales no.
Con la fructosa aunque es más difícil, tendrás igualmente que leer el etiquetado de los alimentos siempre.

Me gustaría añadir, que no solamente revises el etiquetaje de los alimentos que compres y evites adquirir aquellos que lleven gluten y fructuosa.
Otra recomendación sería que tengas precaución a la hora de elaborar o manipular los alimentos en casa de manera de no producir una contaminación cruzada, a la hora de cocinar el aceite que no haya sido reutilizado, etc.

Evitar fundamentalmente los alimentos ricos en gluten y en lo referente a la fructosa sobre todo cuidado con productos manufacturados que son las que mas contienen al usarse como edulcorante. También los intolerantes a la fructosa suelen serlo al xilitol, precaución con esto pues.
El Hospital San Juan de Dios de Barcelona tiene en su página web un documento muy útil a este respecto clasificando los alimentos en función de su cantidad de fructosa