Me han diagnosticado hepatitis crónica con trombosis de la suprahepática izquierda con parénquima

Siempres que hay un cuadro de trombosis, en este caso un Budd-Chiari, hay que hacer un estudio acerca de qué provoca esa diátesis trombótica. Incluye la determinación de diferentes factores que afectan a la coagulación. La hemoglobinuria paroxística nocturna no está entre los cuadros más frecuentes de alteraciones de la coagulación asociado a la trombosis de las venas suprahepáticas aunque puede incluirse, al igual que, por ejemplo, la drepanocitosis en donde la malaria es endémica, que no es el caso de España.

Por supuesto que supongo que le habrán hecho diversos estudios para descartar un estado de hipercoagulabilidad entre los que se encuentran el que cita, junto con la determinación de las proteínas S y C.

Si. La Hemoglobinuria paroxistica nocturna es una de las causas frecuentes de Budd Chiari.
Debe realizarse además un estudio completo para descartar transtornos que puedan causar trombosis. Entre los estudios que le deben realizar está la determinación de la mutación V617F del gen JAK2 que es un marcador genético para la presencia de transtornos favorecedores de transtornos trombóticos, la cual puede estar presente en la mitad de los casos.
Según el resultado de estos estudios se recomienda empezar con un tratamiento anticoagulante y según cada caso valorar otras opciones de tratamiento (angioplastia, stents, etc).