Es una prueba indicada solo, cuando con al ecocardiografia que se realiza por el pecho, no se consiguen ver cosas específicas del corazón. Consiste en introducir una sonda por la boca, para llegar al esófago, desde donde vemos muy bien, la parte de detrás del corazón. Se realiza con el paciente dormido, para que no sienta nada y no necesita ingreso, pudiendo el paciente marcharse en menos de una hora. Actualmente con los ecógrafos modernos, solo acudimos al ecotransesofágico (lo llamamos ETE), en caso muy especiales.