Las alergias y las intolerancias son dos términos que a menudo se confunden. La alergia es una respuesta del sistema inmune (contra proteínas de los alimentos), mientras que la intolerancia es una respuesta del sistema digestivo cuando no puede digerir un alimento correctamente (generalmente por un enzima). Las alergias pueden desencadenarse con cantidades muy pequeñas de alimentos y ocurren cada vez que el alérgeno es ingerido (generalmente son proteínas de los alimentos). Sin embargo, las intolerancias se relacionan con la dosis, así las personas pueden no tener síntomas a menos que consuman una gran cantidad del alimento o si lo hacen muy a menudo.

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Es muy importante realizar un buen diagnóstico y saber diferenciar entre una intolerancia a alimentos y una alergia. La intolerancia a alimentos se produce cuando al ingerir un alimento aparecen reacciones adversas causadas por mecanismos no inmunológicos, tales como mecanismos tóxicos, farmacológicos, metabólicos, psicológicos y también dependerá de la idiosincrasia del paciente. La alergia alimentaria o hipersensibilidad a alimentos puede ser definida como una reacción adversa a un alimento causada por un mecanismo inmunológico. Generalmente aparecerá un aumento de la Ig E.